La bioturbation désigne le réarrangement physique, spatiotemporel, du matériel pédologique ou des sédiments par le mouvement ( remaniement ) d'organismes vivants ( dits bioturbateurs ) au niveau du sol ( pédoturbation ) ou des fonds marins ( bioturbation benthique ) . Phénomène ubiquiste présent dans tous les écosystèmes terrestres et aquatiques, ce déplacement vertical et horizontal de la matière organique et des particules minérales se produit en profondeur ( terriers, galeries des animaux considérés comme des espèces ingénieures ) ou en surface ( traces d'enfouissement, de marche, de reptation qui, lorsqu'elles sont préservées dans les roches, constituent les ichnofossiles ) . Le mélange actif des couches de sol ou de la colonne sédimentaire peut être d'origine animale ( zooturbation essentiellement due aux animaux fouisseurs invertébrés terrestres ? fourmis, termites, vers de terre ?, benthiques ? vers arénicoles, crustacés ?, et vertébrés ? taupes, marmottes, wombats ) , végétale ( phytoturbation ou floraturbation due à la croissance racinaire et aux chutes d'arbres ) ou microbien. La microbioturbation est due à l'action des microorganismes, de la microfaune ( nématodes ) et de la mésofaune ( acariens, collemboles ) , la macrobioturbation à l'action de la macroflore et de la macrofaune ( vers de terre, arthropodes ) qui gouvernent la répartition de la matière minérale et organique et sa transformation en contrôlant les activités métaboliques des communautés fongiques et des peuplements bactériens aérobies et anaérobies. Ainsi, les interactions mutualistes des organismes bioturbateurs avec ces microorganismes, en oxygénant le substrat poreux, en réalisant un mélange intime de la matière minérale ( provenant essentiellement[1] de l'altération, en profondeur, de la roche-mère ) [2] et de la matière organique vivante ou non ( venue de la surface ) , jouent un rôle important dans la régulation des cycles biogéochimiques à différentes échelles emboîtées de temps et d'espace[3].
