1. Il peut s'agir de plantes, d'animaux (dits prédateurs ou déprédateurs), de champignons, de bactéries ou mycoplasmes, de virus ou notamment quand il s'agit d'agents parasites, pathogènes ou phytopathogènes. Les petites créatures autrefois estimées nuisibles et grouillantes étaient familièrement appelées vermine . C'est un concept devenu sémantiquement ambigu (par exemple, un même parasite sera considéré comme nuisible s'il s'attaque à une espèce domestiquée, mais pas s'il s'attaque à une espèce sans intérêt commercial ou paysager). Ainsi, le renard a longtemps été considéré comme parmi les « nuisibles » car il mangeait les poules non enfermées, alors qu'il est aussi l'un des premiers prédateurs des souris et campagnols, dont les dégâts économiques aux cultures et à l'arboriculture peuvent être bien plus importants (et alors que ces deux espèces-proies du renard sont elles-mêmes considérées comme nuisibles).
2. Ensemble d'animaux nuisibles, principalement des insectes tels que les poux, les puces ou les punaises, qui infestent l'habitat humain, animal ou végétal.
Sa maison était propre, bien tenue ; elle tranchait avec la blancheur gaie de sa façade et le luisant de ses meubles, sur les taudis immondes où, d'ordinaire, croupissent dans la fange et dans la vermine, les marins bretons. - Octave Mirbeau, Les eaux muettes
3. (Fig.) Personnes considérées comme nuisibles ou moralement corrompues au sein de la société.
Quand le marchand d'huile comprit quel marché de dupe il avait fait, il ne lui était plus permis de se débarrasser d'Aristide ; la dot d'Angèle se trouvait engagée dans des spéculations qui tournaient mal. Il dut garder le ménage chez lui, exaspéré, frappé au coeur par le gros appétit de sa belle-fille et par les fainéantises de son fils. Vingt fois, s'il avait pu les désintéresser, il aurait mis à la porte cette vermine qui lui suçait le sang, selon son énergique expression . - Émile Zola, La Fortune des Rougon
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| Ensemble d'insectes parasites, malpropres, nuisibles et incommodes, comme les poux, les puces, les punaises, etc. ; utilisé pour les insectes infectant les humains, les animaux ou les plantes. [...]
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| (Figuré) (Familier) Toute sorte de gens de mauvaise vie, de garnements dangereux ou incommodes pour la société. [...]
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